Приказом наркома авиапромышленности А.И. Шахурина (№ 144 от 11 апреля 1941 года) предписано всю работу Московского авиационного института повышения квалификации (МАИПК ИТР) проводить на базе МАИ. Директор МАИ М.Ф. Семичастнов одновременно назначен директором МАИПК ИТР.
25 июня в институте сформированы две санитарные дружины.
3 июля 350 студентов и сотрудников МАИ подали заявления о вступлении в 18-ю дивизию народного ополчения Ленинградского района г. Москвы.
Более 200 студентов МАИ направлены для работы на авиазаводы, около 450 – на подмосковные аэродромы, более 500 человек в июле-августе работали на строительстве оборонительных сооружений под Смоленском, Вязьмой и Брянском. В последующем 25 преподавателей, 61 служащий, 106 рабочих, 75 студентов и 6 руководителей МАИ были награждены медалями «За оборону Москвы».
Десятки девушек-студенток МАИ стали летчицами и техниками авиаполков. Три из них – Г.И. Джунковская, Р.Е. Аронова и Н.Ф. Меклин (Кравцова) – в дальнейшем были удостоены звания Героя Советского Союза.
Проведены первые испытания опытного вертолета конструкции И.П. Братухина «Омега».
С 14 октября происходила эвакуация института из Москвы в Алма-Ату, где уже с 14 ноября студенты приступили к учебным занятиям. В Алма-Ате МАИ выпустил 620 инженеров.
В московских корпусах и лабораториях института разместились воинские части. Для оказания им помощи и контроля за положением дел на территории была оставлена специальная группа из восьми человек.