Эвакуация МАИ из Москвы в Алма-Ату началась 14 октября 1941 года. В необычайно короткие сроки было перевезено всё оборудование кафедр, лабораторий, учебных кабинетов и производственных подразделений. Институт был размещён в 28-ми совершенно не приспособленных для занятий помещениях, но благодаря невероятным стараниям маёвцев учебный процесс быстро удалось наладить.

Уже 14 ноября студенты приступили к занятиям. Были организованы лекционные, лабораторные и практические занятия, курсовое и дипломное проектирование. Для увеличения выпуска необходимых стране в условиях войны авиационных инженеров был разработан учебный план с сокращённым сроком обучения (3,5 года вместо 5,5 лет). В Алма-Ате МАИ выпустил 620 инженеров.

Помимо обеспечения производственного обучения студентов, учебно-производственные мастерские в кратчайшее время наладили выпуск оборонной продукции. Не прерывалась и научно-исследовательская деятельность института, которая в этот период была в основном сосредоточена на решении практических проблем в интересах авиационной промышленности.

После разгрома немцев под Москвой был поставлен вопрос о возобновлении деятельности института в Москве, и уже со 2 февраля 1942 года начался учебный процесс в московских помещениях института.