Военной кафедрой и школами Осоавиахима при МАИ и было подготовлено 1 000 снайперов, 900 пулемётчиков, 380 миномётчиков, 160 истребителей танков. Десятки девушек-студенток МАИ стали лётчицами и техниками авиаполков. В первые же дни войны руководством и общественными организациями института были приняты меры по оказанию практической помощи фронту. Большая группа добровольцев — преподавателей и сотрудников МАИ — ушла на фронт в составе 18-й дивизии народного ополчения Ленинградского района, многие работники института были откомандированы на предприятия авиационной промышленности.

К осени 1941 года правительство приняло решение об эвакуации института в Алма-Ату, где в целях увеличения выпуска крайне необходимых стране в условиях войны авиационных инженеров был разработан учебный план с сокращённым сроком обучения (3,5 года вместо 5,5 лет). Помимо обеспечения производственного обучения студентов, учебно-производственные мастерские в кратчайшее время наладили выпуск оборонной продукции.

Заслуги коллектива МАИ были отмечены высокой правительственной наградой — орденом Ленина. Кроме того, 119 преподавателей, сотрудников и студентов института были награждены орденами и медалями. На первый курс в том же году был зачислен 181 участник Великой Отечественной войны, в том числе Герой Советского Союза Герман Николаевич Липкин.