С начала 2010-х Минобрнауки стало реализовывать новую модель перехода вузов на новые условия финансирования, что существенно отразилось на количестве «платников», были закрыты наборы на бюджетные места по очно-заочной (вечерней) форме обучения, открыта внебюджетная заочная форма. Также был начат переход на многоуровневую систему подготовки студентов «бакалавр» — «специалист» — «магистр».
С 2013 выпускники филиала отбираются для службы в научных ротах, при это филиал — единственный вуз Южного федерального округа, выпускники которого отбираются для такой службы.
В 2014 в рамках программы оптимизации филиал ликвидировал факультеты и перешёл на кафедральную структуру. С 1 сентября 2014 в структуре филиала —три кафедры: А11 «Испытания авиационной техники», А21 «Радио- и электронно-вычислительные средства летательных аппаратов» и А31 «Экономика и управление на предприятии».
В 2017 директором филиала назначен А. В. Жиделёв.
В 2018 состоялся первый выпуск лейтенантов УВЦ МАИ в г. Ахтубинске.
В мае 2019 филиал успешно прошёл процедуру государственной аккредитации по всем основным образовательным программам (бакалавриат и специалитет).