Приказом ректора МАИ № 165 от 1 апреля 1991 деканом факультета «Взлёт» назначен доцент кафедры РЭВС В. П. Щёголев.
10 марта 1992 приказом ректора МАИ № 79 от организована кафедра «Гуманитарные науки». Приказом ректора МАИ № 371 от 19 октября 1992 факультет преобразован в филиал «Взлёт» МАИ (директор филиала — В. П. Щёголев). В декабре утверждена структура филиала «Взлёт», по которой с 16 декабря 1992 введены два факультета: «Испытания ЛА» (декан — Г. А. Бизин) и «Радиоэлектронные системы ЛА» (декан — И. К. Ралдыгин).
В 1995 в связи с изменением правил в высшей школе процедура преобразования факультета в филиал была проведена повторно (приказ Госкомитета по высшему образованию № 82 от 24 января 1995).
В 1997 филиал начал обучение на платной основе, что позволило стабилизировать финансовое положение филиала. Также в 1997 был открыт авиационный цикл факультета военного обучения МАИ в филиале и начата подготовка офицеров запаса.
В соответствии с приказом № 42 от 23 февраля 1998 в филиале была открыта кафедра «Экономика и управление на предприятии».