В 1991 произошла реорганизация структуры филиала и были сформированы два факультета: факультет № 1 «Испытания ЛА» (декан — к. т. н., доцент Н. М. Глыбовский) и факультет № 2 «Информационные системы авиационной и космической техники» (декан — к. т. н., доцент А. С. Просочкин).
В 1995 деканом факультета № 1 назначен к. воен. н., доцент В. Н. Сарапулов, а деканом факультета № 2 — к. т. н., доцент Ю. Г. Савинов. Филиал «Восход» впервые начал осуществлять целевой приём студентов.
В соответствии с международным соглашением от 4 августа 1995 между Министерством образования РК и Государственным комитетом РФ по высшему образованию по подготовке специалистов в области космической техники из числа граждан РК для комплекса Байконур состоялся первый набор студентов — граждан Республики Казахстан.
В 1996 директором филиала назначен А. С. Просочкин.
1 октября 1997 приказом Главного управления кадров МО РФ на базе филиала «Восход» МАИ была организована военная кафедра — цикл факультета военного обучения (ФВО).
В 1998 была открыта специальность «Испытания летательных аппаратов» на базе кафедры КиИЛА.